V BIObazéne sa snažíme docieliť, aby sa voda čistila podobne ako v prírode teda prirodzenou cestou. Biologické čistenie vody tak prebieha vo filtračnej časti bazéna. Voda sa znečisťuje vstupom organickej hmoty. Tu nastane proces samočistenia, keď mŕtvu biomasu rozkladajú baktérie na zložky z ktorých vnikajú živiny slúžiace na rast rastlín. Plávajúce riasy zas filtruje zooplanktón a ďalšie živočíchy, ktoré tak prispievajú k prirodzenému čisteniu vody. Aby biobazén spĺňal funkciu samočistenia, je potrebná súhra základných pilierov funkčnosti.
Základné piliere správnej funkcie BIObazéna:
Vodné rastliny sú základom každého Biobazéna. Bez nich by samočistiaca funkcia bazéna nebola možná. Je viacero kritérií podľa ktorých sa navrhuje správna výsadba kúpacieho jazierka či biobazéna. Správne druhy volíme najmä podľa kategórie biobazéna a kvality vody. Základom výsadby je použitie všetkých typov vodných rastlín. Biobazén nemôžeme stavať iba na jednom druhu použitých vodných rastlín. Keďže každá rastlina má inú funkciu iba druhová rozmanitosť zaručí správne fungovanie bio jazierka a obmedzí výskyt rias na minimum. V Biobazéne používame 30 až 40 druhov vodných rastlín piatych základných typov.
Vodné rastliny z hľadiska použitia v kúpacom jazierku delíme na tieto typy:
Tento druh drobných organizmov pracuje ako prirodzený a zároveň najefektívnejší filtračný systém biobazéna. Vďaka nim je voda neustále filtrovaná bez použitia akejkoľvek technológie. Zooplanktón zahŕňa skupinu voľne plávajúcich vodných druhov ako malé kôrovce a prvoky, ktoré sa nemôžu pohybovať ďaleko od svojho zdroja energie. Predovšetkým Dafnie, žiabronožky, perloočky a cyklopy hrajú dôležitú úlohu pre samočistenie vody. Pre tieto drobné živočíchy sú riasy základnou zložkou potravy. Eliminujú tak vo veľkom množstve plávajúce riasy. Zooplankón je schopný odfiltrovať hygienicky dôležité baktérie, v celom objeme vody z jazera za 3 až 7 dní. Zo všetkých sú najznámejšie a najjednoduchšie sa dajú určiť dafnie. Pomocou ich antény, sa pohybujú trhane vpred vo vode. Pohybujú sa vo veľkých počtoch pri sebe, sú viditeľné voľným okom. Ich veľkosť sa pohybuje od 4mm do 10mm. Planktón sa očkuje vždy po vybudovaní biobazéna. Vo vode hneď začne plniť svoju funkciu a rýchlo sa rozmnoží. Jeho rozmnožovanie funguje na princípe samoregulácie. So zvyšujúcim sa množstvom rias sa úmerne zvyšuje aj množstvo zooplanktónu. Po spotrebovaní rias planktónom a tým aj dokonalom vyčistení vody sa jeho množstvo zase zmenší. Tento kolobeh sa neustále opakuje. Zooplanktón najviac zabíja silné čerpadlo, mechanická filtrácia, UV lampa a požierajú ho ryby.
Biofilm v preklade je nazývaný organický trávnik, najčastejšie sa vyskytujú v porastoch vo všetkých oblastiach jazera alebo vo filtroch, ktoré sú zásobované dostatočným kyslíkom. On je predovšetkým v štrku, na kameňoch a všetkých rastlinách. Biofilm pozostáva z baktérií, rias, húb a z jednobunkových organizmov. Biofilm v podstate vytvára v kúpacích jazerách samočistenie. Hrozbu predstavuje zlé nedostatočné okysličenie Biofilmu vo filtroch. Pri zlom okysličovaní vzniká k aerobným procesom v samotnej filtrácii, kde sa tvoria fosforečnany. Tie sa dostávajú do kolobehu, len čo sa čerpadlo dostane do činnosti. Dôsledok je väčšinou spustošenie jazera rastom rias. Biofilm v samotnom Biobazéne je dostatočne okysličený pomocou vodných rastlín a aj preto sú tieto bazény biologicky stálejšie.
Dno biobazéna predovšetkým regeneračná zóna sa časom poryje vrstvou sedimentov predovšetkým organického pôvodu. Pojmom bentos rozumieme žijúce vodné slimáky, červy, mušle, larvy hmyzu a všetky iné živočíchy žijúce na dne. Týmto organizmom slúži vzniknutá organická hmota ako potrava. Teda baktériami, hubami a živočíchmi je organická hmota rozložená na jednoduché minerálne zložky. Tak nedochádza k rýchlym hnilobným procesom na dne alebo v regeneračnej zóne kúpacieho jazera. Touto užitočnou činnosťou má bentos veľký význam pre zachovanie prirodzenej ekologickej rovnováhy v biobazéne.
K čistote a k celkovej funkčnosti biobazéna prispieva samozrejme aj technológia. Aj keď technológia tvorí jeden zo 6 základných pilierov. Biobazén si v prvom rade nemôžeme pomýliť s jazerom plným najdrahšej filtrácie, pretože vhodnou technológiou automaticky nezískame správne pracujúci biobazén. Pri biobazéne si musíme uvedomiť, že sa snažíme o vytvorenie prírodnej nádrže založenej na prirodzenej funkčnosti a čistení. Technológiu volíme podľa toho do ktorej kategórie zaraďujeme konkrétny biobazén. Medzi základné prvky technológie patrí čerpadlo a skimmer. Pri vyšších kategóriách sa používajú filtrácie rôzneho typu. Filtráciu však musíme voliť tak, aby nenarušovala celkovú biológiu vody. Stabilnejšie sú systémy s použitím menšieho množstva technológie.
Tak ako pri klasickom bazéne, patrí aj pri biobazéne k nevyhnutným doplnkom vysávač určený na biobazény.
Kvalita napúšťanej vody zohráva dôležitú úlohu pri celkovej funkčnosti BIObazéna. Celková kvalita vody je odvodená od fyzikálnych, chemických a biologických vlastností vody. Hlavnú hrozbu predstavuje množstvo fosforečnanov v napúšťanej vode. Pri príliš vysokých množstvách je dokonca realizácia kúpacieho jazierka vylúčená. S ohľadom na kvalitu vody sa navrhujú aj rastliny.